“Kun ”apinainfluenssavirus“ leviää ympäri maailmaa, ihmiskunta on lähes tuhoutunut, ja apinat, jotka ovat kehittyneet erittäin älykkäiksi olennoiksi, nousevat ravintoketjun huipulle. Muutosten aikaan tyrannimainen apinajohtaja Sesar rakentaa maailman raunioille apinarotujen historian ensimmäisen imperiumin - Scarlet Sphere -nimisen valtakunnan nousun, joka on uuden maailmanjärjestyksen synty. Salaperäisen ihmistytön, Novan, ilmestyminen herättää Saisarin hälytyksen. Hänellä näyttää olevan hallussaan suuri salaisuus, joka ei koske ainoastaan ihmisrodun selviytymistä, vaan saattaa jopa kaataa koko apinoiden planeetan jälleen kerran. Pakotettuna pakenemaan Novan kohtalo risteää nuoren apinan Noahin kohtalon kanssa, kun hän pakenee Sesarin armeijaa, ja edessä on seikkailullinen matka.