“Καθώς ο ιός της ”Γρίπης των πιθήκων“ εξαπλώνεται σε όλο τον κόσμο, η ανθρώπινη φυλή σχεδόν καταστρέφεται και οι πίθηκοι, έχοντας εξελιχθεί σε εξαιρετικά ευφυή πλάσματα, ανεβαίνουν στην κορυφή της τροφικής αλυσίδας. Σε μια εποχή αλλαγής, ο τυραννικός ηγέτης των πιθήκων Σέζαρ χτίζει στα ερείπια του κόσμου την πρώτη αυτοκρατορία στην ιστορία της φυλής των πιθήκων - η άνοδος της Οστρακιάς Σφαίρας, που αποτελεί την αυγή της γέννησης μιας νέας παγκόσμιας τάξης πραγμάτων. Η εμφάνιση μιας μυστηριώδους ανθρώπινης κοπέλας, της Νόβα, προκαλεί την ανησυχία του Σάισαρ. Φαίνεται ότι κατέχει ένα μεγάλο μυστικό, το οποίο δεν αφορά μόνο την επιβίωση της ανθρώπινης φυλής, αλλά μπορεί ακόμη και να ανατρέψει για άλλη μια φορά ολόκληρο τον Πλανήτη των Πιθήκων. Αναγκασμένη να διαφύγει, η μοίρα της Νόβα διασταυρώνεται με εκείνη του Νώε, ενός νεαρού πιθήκου, στη διαδικασία αποφυγής του στρατού του Σέζαρ, αποκαλύπτοντας ένα περιπετειώδες ταξίδι.